Il funzionamento di un sistema di aspirazione è simile a quello di un’aspirapolvere. Tramite due tubazioni di alimentazione - normalmente flessibili - il trasporto dei pellet viene effettuato mediante una turbina d’aspirazione dal deposito alla caldaia a pellet. Una tubazione funge da coclea di alimentazione, l’altra da compensazione della pressione. L’estremità delle tubazioni del sistema di aspirazione dei pellet deve essere possibilmente fissata sul pavimento del deposito dei pellet per consentire un’estrazione pressoché completa dei pellet. Un’unità nel sistema di aspirazione consente la commutazione tra le tubazioni. In tal modo viene garantita un’estrazione quasi completa dei pellet.

La talpa di estrazione dei pellet è un altro sistema pneumatico per il prelievo dei pellet che svuota un deposito dall’alto. Rispetto al sistema di aspirazione dei pellet indicato sopra, questo scava tuttavia automaticamente all’interno del deposito ed aspira i pellet.