Le mode de fonctionnement d’un système d’aspiration s’apparente à celui d’un aspirateur. Le transport des granulés entre le lieu de stockage et le chauffage s’effectue via deux conduits – généralement des tuyaux flexibles – sous l’action d’une turbine d’aspiration. L’un des conduits sert au convoyage des granulés, l’autre à l’équilibrage de pression. Les conduits du système d’aspiration doivent dans la mesure du possible est fixés au fond du silo pour permettre une aspiration quasi complète des granulés. Une unité logée dans le système d’aspiration assure la commutation entre les deux conduits. On obtient de la sorte un vidage quasiment complet du silo.

La taupe à granulés est un autre système pneumatique de dessilage, qui vide le silo par le haut. À la différence du système d’aspiration de granulés précédent, il se déplace de lui-même à l’intérieur du silo pour aspirer les granulés.